在临床应用中，山茱萸偏于补涩，适用于虚证，常与熟地、山药等配伍，如经典方剂六味地黄丸；吴茱萸偏于温散，多用于寒证，常与生姜、大枣配伍，如吴茱萸汤。由于吴茱萸性热且有小毒，用量需严格控制，一般为2～5克，而山茱萸用量相对较大，多为6～12克。

由此可见，山茱萸与吴茱萸在临床应用中有着明确的界限，医者需准确辨识二者的特性，根据患者的具体病情辨证选用，才能确保用药安全有效，避免因混淆而造成不良后果。