山茱萸与吴茱萸虽名称仅一字之差，却是两种截然不同的中药材，在临床应用中必须严格区分，绝不可混为一谈。二者的来源、性味、功效及主治病症均存在显著差异，若误用不仅会影响疗效，甚至可能引发不良反应，危及患者健康。

从植物来源来看，山茱萸为山茱萸科植物山茱萸的干燥成熟果肉，主产于河南、浙江等地，入药历史悠久，在《神农本草经》中被列为中品；而吴茱萸是芸香科植物吴茱萸、石虎或疏毛吴茱萸的干燥近成熟果实，多生长于长江流域及以南地区，其药用记载最早可追溯至《神农本草经》，被归为下品。