木瓜蛋白酶在一定条件下，可能会引起子宫收缩。在孕晚期，孕妇的子宫敏感性增加，任何可能引发宫缩的因素都需格外警惕。而木瓜中含有的女性荷尔蒙前体物质，也可能干扰孕妇体内的激素平衡。从传统医学角度来看，木瓜性偏寒，对于体质虚寒的孕妇，过多食用可能加重体内寒气，影响胎儿稳定。

不过，目前科学界对于孕妇晚期食用木瓜是否会导致不良后果，尚未形成统一结论。一些研究指出，只有大量食用未成熟的青木瓜，才可能因其中较高浓度的木瓜蛋白酶和生物碱，对孕妇和胎儿产生潜在风险。而成熟的木瓜，木瓜蛋白酶含量相对较低，适量食用或许不会带来严重危害。